La catedral se empezó a construir en el último tercio del siglo XI por la cabecera, lo que la significa como la parte más antigua del templo. La disposición del ábside responde a la propia de una catedral románica de peregrinación, con un conjunto de capillas adosadas de forma radial al deambulatorio.
Las capillas absidiales eran cinco, separadas entre sí y con sus cubiertas vertiendo las aguas libremente hacia el exterior. Con posterioridad, se fueron construyendo nuevas capillas y sacristías en los espacios que quedaban libres entre las primitivas. Finalmente, en el siglo XVII, en el marco de la gran reforma barroca, se realizó el muro hacia la Quintana que las envuelve. Como consecuencia de estas modificaciones resultó un conjunto de capillas y sacristías adosadas entre sí y al muro de cierre oriental, con una complicada evacuación de las aguas pluviales: numerosos canalones ocultos, trazados tortuosos, etc.
Las cubiertas existentes en estas capillas de la cabecera, ejecutadas en los años 90 del pasado siglo, sufrían en la actualidad problemas de entradas de agua, por lo que se ha procedido a su renovación. Además, presentaban distintos materiales de cobertura (piedra, pizarra y teja), lo que se ha homogeneizado ejecutando en todas las capillas nuevas cubiertas de teja, que eran las que había antes de la construcción del muro de cierre hacia la Quintana, tal y como muestra el dibujo de Vega y Verdugo.
En esta actuación también se han retirado las estructuras de hormigón y fábrica de ladrillo ejecutadas a finales del siglo pasado, sustituyéndolas por nuevas estructuras realizadas con madera de castaño, contando con un convenio de asesoramiento con el CIS Madeira. Sobre estas estructuras se ha colocado una nueva cobertura de teja sobre cámara ventilada, resultando las nuevas cubiertas más ligeras y transpirables. El incremento de la sección de los canalones ocultos facilitará su mantenimiento.
Las obras de restauración en este ámbito están prácticamente terminadas, por lo que en las últimas semanas se ha procedido a retirar la cubrición provisional que se había instalado sobre estas capillas.
En concreto, se han renovado las cubiertas de las capillas de Mondragón, San Pedro, El Salvador, La Blanca, San Juan y San Bartolomé. En la actualidad se continúa trabajando en la de la capilla del Pilar. De forma paralela, se trabaja en la cubierta de piedra de la capilla mayor, así como en el resto de las cubiertas de la basílica (nave central y transepto).